Unit pencetakanmesin cetak flekso bertumpukDitumpuk ke atas dan ke bawah, disusun pada satu atau kedua sisi panel dinding utama bagian yang dicetak. Setiap kelompok warna cetak digerakkan oleh roda gigi yang terpasang pada panel dinding utama. Saat mencetak, substrat melewati setiap unit warna cetak secara bergantian, menyelesaikan semua pencetakan. Setiap kelompok warna cetak memiliki silinder cetak, silinder pelat, dan perangkat tinta. Struktur setiap kelompok warna cetak sama. Mesin cetak fleksografi bertumpuk dapat mencetak 1-8 warna, tetapi umumnya 6 warna. Jika dilengkapi dengan perangkat pembalik, mesin ini juga dapat mencetak pada kedua sisi.